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去羧甲基曲前列尼尔的化学分子式为C21H32O3，分子量 332.48，系统化学命名：(1R,2R,3aS,9aS)-1‑((S)-3‑羟基辛基)-2,3,3a,4,9,9a‑六氢‑1H‑环戊并 [b] 萘‑2,5‑二醇。分子骨架保留曲前列尼尔稠合环戊并萘烷母核，带有三处羟基手性位点，多个手性中心决定该物质存在立体构型要求，对照品需要严格控制立体异构体杂质，分子无游离羧基，极性弱于曲前列尼尔本体。
去羧甲基曲前列尼尔的外观形态为白色至类白色固体粉末，无特征刺激性气味。溶解性能上，易溶于甲醇、乙醇、乙腈、二氯甲烷、DMSO 等有机溶剂，在正己烷中溶解性较差，水中微溶，和曲前列尼尔相比，去掉羧甲基侧链后分子极性下降，水溶解度明显降低，反相色谱体系中保留时间长于主药曲前列尼尔，这也是HPLC杂质分离的重要依据。